一人の男がいた。
その男は、ある人物の命を受けて、賢者の石を作り出すために、錬金術師として旅をしていた。
伝説の宝石。すべての金属を金へと変え、不老不死の薬さえ作り出す賢者の石。
研究を進めていくうちに、ペガサスがデュエルモンスターズに行きついたように、男もまた、デュエルモンスターズにたどり着いた。
だが、男の体は、長旅の無理がたたり、不治の病に侵されていた。そこで彼は、錬金術が生み出す人造生命体、ホムンクルスにその魂を託した。
それが彼。
「とはいえ所詮、仮の肉体。数年で朽ち始め、もうすぐ私は寿命を迎えようとしている。しかし私は、訪れる死の前に、私の研究を支えてくれた人のためにも、究極の精霊を操る力を手にしなければならない」
究極の、精霊。
「三幻魔のことか」
「その通り。三幻魔の力があれば、賢者の石を作ることができるのだ」
「嘘だろ、大徳寺先生............あんたが俺たちを、ずっとだましてたなんて」
十代も、翔も隼人も、そして俺も、大徳寺先生が語った真実に、大きな衝撃を受けた。
信じられない。
「それじゃ、俺たちが今まで作ってきた思い出は、全部嘘だったってのか！
朝飯の時、いっつもご飯を大盛りにしてくれたのも、先生の分の納豆をくれたのも、俺たちのことを、にこにこして、見守ってくれていたのも、全部、全部！
ただ、俺たちのことを利用しただけだったのかよ！そんなのあるかよ！ふざけんなよ！！」
どんなに十代が感情的に叫んでも、大徳寺先生は顔色一つ変えず、顔に笑みを張り付けている。
「それにしても、さすがだ、十代。素晴らしい融合の使い方だった。融合こそが、お前の持つ可能性のすべて」
「うるさい！今さら先生ぶるのはやめろ！！」
「............デュエルを再開する。捕らえられた三人を解放してほしいなら、この私をデュエルで倒せ！
これが、私の授業の最終試験だ。落第するなら、すべての魂は私の研究の材料となる」
「先生..................」
「私のターン、ドロー。スタンバイフェイズ時に、偽・封印の黄金櫃の効果により、除外されているネクロフェイスを手札へ加える」
（除外カード枚数：アムナエル２２枚 十代３枚）
「手札から、
魔法カード 白の過程−アルベドを発動。
フィールド上に錬金釜−カオス・ディスティルが存在する場合、発動する事ができる。デッキまたは手札から、黄金のホムンクルス一体を特殊召喚する。
現れよ、黄金のホムンクルス！」
（除外カード枚数：アムナエル２３枚 十代３枚）
「黄金のホムンクルスの攻撃力と守備力は、ゲームから除外されている自分のカードの数×３００ポイントとなる。よってその攻撃力は、６９００」
「くっ、さっきほどじゃないけど、十分でかいんだな！」
「でも、アニキにはくず鉄のかかしがあるっす！」
「私はこれで、ターンエンドだ」
「俺のターン、ドロー！俺は、カードを一枚セットして、ターンエンドだ」
攻撃はまだ無理か。
アドレイションの効果は、エンドフェイズ時まで。今効果を使用したところで、意味はない。
「私のターン、ドロー。私は手札から、速攻魔法 サイクロンを発動。くず鉄のかかしを破壊する！」
「ああっ！！」
「くそっ」
引いてきたか。
「サイクロンもまた、カオス・ディスティルによりゲームから除外される。
よって、黄金のホムンクルスの攻撃力もさらに上昇し、７２００！
バトル、黄金のホムンクルスで、
Ｖ・ＨＥＲＯ アドレイションに攻撃、ゴールデン・ハーヴェスト！！」
「くっ、ぐああああああっ」
十代：６０００→１６００（２８００−７２００）
「アニキ！」
「私はこれで、ターンエンド」
「はぁ、はぁ、俺のターン、ドロー。
俺は手札から、
魔法カード ミラクル・フュージョンを発動！墓地のモンスターを融合して、融合Ｅ・ＨＥＲＯを特殊召喚する！！」
「すばらしい。すばらしいぞ、十代。お前はまだ、融合を重ねてくるのか！
やはりお前は融合の天才だ。そしてそれは、お前が一流の錬金術師である証！」
十代が、錬金術師？一流の？
「俺は錬金術師なんかじゃない！」
「まだ気づかないのか。凡庸な攻撃力のモンスターをより強化させる融合と、錬金術。この二つは同じなのだ。
融合を使いこなすお前には、錬金術師としての無限の才能が眠っている」
「俺に、錬金術師の才能が？」
「このデュエルは私にとって、最強の錬金術師を決める戦いでもあるということだ。
さて十代、今度はどんな融合モンスターを出すんだ？」
くっ、この状況、俺だったらどうするだろうか。下手なモンスターを出したところで、壁にしかならない。だが、あの攻撃力を超えられるか？そして、超えたところで、返しのターン、また超大型モンスターでやられてはしまわないか。
だが十代は、全く悩む様子も見せず、自分のセンスを信じて、行動した。
「俺は、墓地の『光属性』スパークマンと『Ｅ・ＨＥＲＯ』エアーマンをゲームから除外して、Ｅ・ＨＥＲＯ Ｔｈｅシャイニングを守備表示で融合召喚！」
「ふむ、守備力２１００か」
十代は、壁モンスターを出した。Ｔｈｅシャイニングには、除外されているＥ・ＨＥＲＯの数×３００ポイント、攻撃力が上昇する効果がある。
けれども、最大でも２６００＋３００×５で、４１００。突破は不可能だ。
だがおそらく、十代の狙いは別。
「俺は、Ｇｒｅａｔ ＴＯＲＮＡＤＯを守備表示に変更して、ターンエンドだ」
「ふっ、それだけか？ならば、私が教師として、そして同じ錬金術師として、この手で引導を渡してやろう。
私のターン、ドロー。私は手札から、ネクロフェイスを召喚する。
ネクロフェイスが召喚に成功した時、ゲームから除外されているカード全てをデッキに戻す！！」
「な、なにぃ！？」
「ど、どうして！？それじゃあ黄金のホムンクルスの攻撃力は、０になっちゃうのに！」
「フフフッ、錬金術師の考えが、果たして君たちに理解できるかな？
ネクロフェイスの攻撃力は、この効果でデッキに戻したカードの枚数×１００ポイントアップする。
ネクロフェイスの元々の攻撃力は１２００。そしてデッキに戻したカードは、私が２３枚で、十代が５枚。よって攻撃力は、１２００＋（２３＋５）×１００で、４０００となる！」
「攻撃力４０００..................さっきの黄金のホムンクルスの方が攻撃力は上だったんだな」
そう。それなのに、アムナエルは黄金のホムンクルスの攻撃力を下げてまで、ネクロフェイスを出した。なぜだ？
デッキ切れを防ぐため？いや、それでもまだ、アムナエルには１０枚近くは余裕があった。
理解できない。
「さぁ十代、この試練を乗り越えて見せろ！私は手札から、
魔法カード 偽・封印の黄金櫃を発動。私がデッキから除外するのは、二枚目のネクロフェイス！」
馬鹿な！手札に持っていたのか！？
いや、違う。手札に持っていたのならば、前のターンに使えば、十代を倒すことができたはず。それなら――――――――
「このターンに、引いたということか............」
「言ったはずだ。錬金術の前では、すべての常識は覆る！
ネクロフェイスの効果により、互いのプレーヤーは、デッキの上からカードを五枚除外する。合計七枚の私のカードが除外されたため、黄金のホムンクルスの攻撃力は、２１００となる。
さらに、私は
魔法カード ワームホールを発動。自分フィールド上に存在するモンスター一体を、次の自分のスタンバイフェイズ時までゲームから除外する。
私は、裏側守備表示のこのモンスターを、ゲームから除外。これにより、黄金のホムンクルスの攻撃力はさらに、６００ポイントアップして、２７００」
十代の守備ラインを、易々と突破していく。
あまりにあっさりと。
「これが最後の一手だ。
装備魔法 ビッグバン・シュートをネクロフェイスに装備。装備モンスターの攻撃力は４００ポイントアップし、さらに、貫通効果を得る。
「攻撃力４４００の、貫通効果持ち！？」
「ア、アニキ...............」
「バトルだ！！！
ネクロフェイスで、Ｅ・ＨＥＲＯ Ｔｈｅシャイニングに攻撃、エターナル・オストラサイズ！！！！！」
闇を、果てしない闇を身にまとった、異形の怪物共が、十代に押し寄せた。